Genomit valokaapelissa
Takaisin

11.07.2018

Genomit valokaapelissa

Genomitutkimus käyttää ja tuottaa valtavasti dataa. Jatkuvasti laajenevan ja monimutkaistuvan datan luottamuksellinen säilytys ja jatkokäyttö herättävät kysymyksiä. Miten ja mihin data kannattaa tallentaa? Miten dataa, esimerkiksi genomitietokantoja säilytetään turvallisesti? Miten dataa jaellaan? 

Näitä kysymyksiä pohditaan Suomen Genomikeskuksessa yhteistyössä kansainvälisten sisarkeskusten kanssa. Datan säilytykseen ja jakeluun liittyvä kansallinen yhteistyö ja osaaminen ovat edellytys Suomen kilpailukyvylle.

Samalla tavalla kuin ihmisten liikkumiseen maiden välillä, tarvitaan datan liikutteluun infrastruktuureja ja sopimuksia. Toimivan ja aineettoman tietopalvelun takana on valtavasti rautaa ja valokaapelia. 

Genomikeskuksen täytyy muun muassa olla varma tietoaineistoja käyttävien henkilöiden identiteetistä. Dataan liittyy vahva tietosuoja, joka on säädetty laissa. Tarvitaan tehokkaat tietoliikenneyhteydet, jonka kautta valtavat aineistomassat voivat siirtyä. Aineistojen koosta viitteitä antaa se, että yksityisen ja äärettömän tehokkaan valopolun sisällä aineistojen siirtäminen maasta toiseen voi kestää kuukausia. Internetin avoin laajakaista ei Genomikeskukselle riitä. Vastaanottajalla täytyy lisäksi olla käytössään tallennustilaa ja ohjelmistoja, jonka avulla se voi käsitellä aineistoja tietoturvallisesti.

Jos esimerkiksi suomalainen tutkimusryhmä tutkii Parkinsonin taudin periytyvyyttä, sen on elintärkeää päästä Suomen aineistojen lisäksi käsiksi genomiaineistoihin, joita muun Euroopan tutkimuslaboratoriot tuottavat. Biologisten mekanismien löytäminen on vaativaa, ja tutkijat tarvitsevat vertailukohdan miten terveen ihmisen genomi toimii. Kun voidaan käyttää sekä suomalaisia että eurooppalaisten tuottamia aineistoja, Genomikeskuksen ei tarvitse itse rakentaa jokaisen tutkimuksen näyteaineiston lisäksi vertailuaineistoa. Se olisi äärettömän kallista, ja lykkäisi genomitietoa hyödyntävien innovaatioiden syntymistä vuosikymmenien päähän.

Tietoaineiston hallinnointi, säilytys ja jakelu eivät aina herätä samaa hehkua ja innostusta kuin tieteen läpimurrot. Byrokraattinen kieli kuitenkin hämää. Hitaasti rakentuva verkosto mahdollistaa tieteelliset läpimurrot, mutta on myös itsessään tieteelliseen innovaation verrattavissa oleva hanke.

Aineistojen luotettava säilytys ja jakelu ovatkin edellytys tuottavuudelle. Infrastruktuurin rakentaminen ja ylläpito maksavat vain murto-osan verrattuna sitä hyödyntävät terveydenhoidon kustannuksiin. Tieteellisistä tuotoista hyötyy sama taho, joka tiedettä rahoittaa; yhteiskunta.

Tommi Nyrönen CSC

Suomen ELIXIR keskuksen johtaja

CSC - Tieteen tietotekniikan keskus

ELIXIR on Euroopan biologisen tiedon infrastruktuuri

Lue lisää:

http://www.elixir-finland.org/biotiedetta-eurooppalaisessa-pilvessa/

http://www.elixir-finland.org/julkaisut-ja-raportit/

Jaa

Jaa Facebookissa Jaa Twitterissa